孙中山家族的祖居地有“紫金说”和“东莞说”两种说法。 “紫金说”由广东学者罗香林在1920年代提出并得到中山先生的长子孙科、次女孙婉和国民党一些元老及蒋中正的认可，在民国政府的官方文件中使用“紫金说”。“紫金说”认为孙中山的祖居地为广东省东江流域的紫金县公馆地区，与翠亨的孙氏不同宗。
“东莞说”为孙中山故乡的翠亨孙氏所提出，此说认为孙氏为汉族，祖居地为广东省东江流域的东莞市长安镇上沙村，主要依据为孙中山家族的族谱。
罗香林的“紫金说”提出之后，一直与“东莞说”针锋相对，故而产生了关于孙中山祖居地的争论。“东莞说”被成长于海外的中山先生的胞兄孙眉的嫡孙孙满、孙乾等亲属后代认同。虽有“紫金说”与“东莞说”两种学说的争议，但孙中山的祖先从东江区域迁居到珠江口西岸的香山翠亨村的情况，则是被公认的。
家族
祖父：孙敬贤（1789年－1850年）
祖母：黄氏（1792年－1869年）
父亲：孙达成（1812年－1888年）
母亲：杨氏（1852年－1910年）
兄弟姊妹
长兄：孙德彰
姊：孙妙茜
妹：孙秋绮
另有一兄：（孙德佑）五岁早夭
另有一姐：（孙金星）亦早夭
妻妾
原配：卢慕贞
卢慕贞（1867年－1952年）广东香山县上恭都外茔乡（今属珠海市金鼎区外沙乡）人，中华民国国父孙中山原配夫人。出生于累世积善的书香门第之家，父卢耀显曾漂洋过海至美国檀香山经商获富。十八岁时与年方二十岁的孙中山结婚，并诞下三名子女：孙科、孙娫及孙琬。
日本籍妻子：大月薰
1898年因全家火灾，十一岁的幼女大月薰与全家寄住在孙中山横滨寓所的二楼，认识了当时从事革命工作的孙中山。1902年，孙中山通过翻译温炳臣向其父大月素堂提亲，当时男方三十七岁，女方十五岁。大月素堂先以女儿年幼而拒绝，但后答应。两人一年后结婚。同时期，孙中山也在横滨与一位名叫浅田春的少女相恋。1906年大月薰生了一女，名为冨美子。日语冨美的发音ふみ同日文汉字的文，表示纪念父亲孙文（孙中山的本名）。孙中山在女儿出生前就因事离开日本，从此再也没有回来见过两母女。大月薰在孙中山离开日本后不久便在家人的安排下改嫁，一生共改嫁两次，但仍保持与孙中山书信往来。而冨美子则於出生后不久由姓宫川的家庭收养抚育。冨美子长大后招赘结婚，其儿子宫川东一著有《日本に遗された孙文の娘と孙》记述此事。
妾：陈粹芬
原名香菱，又名瑞芬，人称“四姑”。祖籍中国福建省同安，出生于香港，孙中山的侧室。陈大约于1892年左右开始陪伴孙中山，曾随其流亡日本，并曾参与历次起义的组织准备工作。后因患肺病，返回香港疗养。中华民国成立后，入住澳门孙家，被族中承认为孙中山的妾，后来往于广州、河南、香港等地。中华人民共和国成立后，陈移居香港，1960年病逝于当地。
末任妻：宋庆龄（1893年－1981年），1915年10月25日与孙中山在日本结婚。是已故中国革命家及中华民国国父孙中山的第二任妻子。自中山先生过世后，1940年（民国二十九年）中国国民党中央常务委员会第143次会议决议：孙中山先生尊称为国父，以表尊崇。故而根据传统习惯，宋庆龄女士亦被尊称为「国母」[1]。1981年5月，在她弥留之际，全国人大常委会决定授予宋庆龄「中华人民共和国名誉主席」称号。宋庆龄被中共尊称为「(宋)庆龄先生」、「孙夫人」；被周恩来誉为「国之瑰宝」（后江泽民正式题字；有同名纪录片）；中华人民共和国官方评价为「伟大的爱国主义、民主主义、国际主义、共产主义战士」。
子女
长子：孙科（1891年10月20日—1973年9月20日）字哲生，广东中山人，孙中山独子。1910年加入同盟会，1917年任第一任广州市长，1923年、1926年两次再任广州市长，1931年任南京政府行政院长，1932年任立法院长，主张速行宪政联共抗日，1947年任南京政府副主席，1949年辞职旅居香港、法国、美国等地，1965年任台湾“总统府”高级咨议，1973年9月13日病逝于台北。
长女：孙娫
次女：孙婉（1896年11月12日—1979年6月3日）
日本籍长女：宫川富美子（与大月薰所生）（1906年生）
孙
长孙：孙治平 (1913年生) 为前中华民国行政院长孙科之子，中华民国国父孙中山之孙，其子为孙国雄，孙为孙伟仁。曾任台湾地区“总统府国策顾问”、中国国民党中央评议委员会委员等职，2005年4月6日在中国香港东区尤德夫人那打素医院病逝，享寿93岁。
次孙：孙治强 (1915年生)
孙女
长孙女：孙穗英 (1922年生)
次孙女：孙穗华 (1925年生)
三孙女：孙穗芳 (1935年生)
四孙女：孙穗芬 (1936年生)
外孙
王弘之（孙婉与王伯秋之子）
戴永丰（孙婉与戴恩赛之子）
宫川东一（宫川富美子之子）
外孙女
王蕙（孙婉与王伯秋之女）
戴成功（孙婉与戴恩赛之女）
